Dopo l’espulsione da Alghero della sua numerosa comunità ebraica, nel 1492, l’economia locale ebbe una notevole flessione e si aggiunsero anche varie pestilenze e carestie che ritornarono a devastare la popolazione; parte degli algheresi, tuttavia, riuscì a sopravvivere, emigrando in altre regioni come il Logudoro. Il carattere e la cultura del centro cittadino rimasero solidamente catalani e continuò così anche dopo l’insediamento dei Savoia, nel 1720. Infatti, Alghero divenne dominio sabaudo e il suo nome figurò all’interno dei trattati che misero fine alla guerra tra le corone europee.
Durante la Seconda Guerra Mondiale la città e il vicino aeroporto furono colpiti da bombardamenti frequenti e solo dopo diversi anni la città riuscì a riprendersi dalla guerra e dai danni subiti. Nuovi capitali affluirono in città durante gli anni ’60, quando Alghero comiciò ad essere potenziata come località turistica e iniziarono a sorgere diversi alberghi e residence che assicurarono un notevole sviluppo economico del suo territorio.
